Довольно непонятно написан вопрос.
Если речь о том, как разделить элементы с заполненным свойством от элементов с незаполненным, можно так:
$IblockID = 1;
$res = CIBlockElement::GetList([], ['IBLOCK_ID' => $IblockID], false, false, ['IBLOCK_ID', 'NAME', 'PROPERTY_ISEMPTY']);
while($item = $res -> Fetch())
{
if($item['PROPERTY_ISEMPTY_VALUE'])
{
$arResult['FILLED'][] = $item;
}
else
{
$arResult['EMPTY'][] = $item;
}
}
На выходе будет 2 массива - FILLED (где свойство заполнено) и EMPTY (где пусто).
Вместо ISEMPTY - надо подставить код своего свойства.