Название папки в которой лежит репозиторий никак не лияет на git.
Также оно никак не влияет на отправку изменений в удалённый репозиторий.
Ну и на гитхабе (на сайте) это никак не фиксируется и не настраивается.
Уверен, вы можете откруть консоль, перейти в нужную папку и выполнить git push.
Проблема скорее всего в графической оболочке для гита, через которую вы хотите запушить измеения.
Вот она запомнила что по определённому пути есть репозиторий. Но теперь по старому пути репозитория нет.
Вам необходимо изменить путь до репозитория в его настройках в клиенте к гитхабу.
Ну или удалить и заново настроить это элемент, если такой возможности нет.