Если в atmel studio в выводе сразу указывается, сколько ОЗУ занимают переменные, сколько ПЗУ осталось, то используя только avr-gcc это не понятно. Если ПЗУ можно определить по объему hex файла, то вот с ОЗУ вопросы. Может требуется какая то линуксовая утилита для этого?
Вот что использую:
avr-gcc -Wall -mmcu=atmega328p -O1 -funsigned-char ./SRC/main.c ./SRC/uart.c ./SRC/main.h ./SRC/uart.h -o ./BIN/output.elf
avr-objcopy -O ihex ./BIN/output.elf ./BIN/output.hex