Если вы понимаете, что делает этот запрос:
UPDATE article SET visits=(visits+1) WHERE id='".$theme_idss."' LIMIT 1
То по аналогии можно плюсовать интересуемый столбец:
UPDATE article
SET visits=(visits+1),
today = today + 1 -- суточные посещения
WHERE id='".$theme_idss."' -- когда разберетесь, что такое sql-инъекция, то перепишите все запросы, использующие такой стиль подстановки параметров (склеиванием строк)
LIMIT 1 -- после того, как разберетесь, является ли id первичным ключом, можно убрать лимит
Но при добавлении столбца нужно позаботиться, чтобы у столбца значение по умолчанию было 0.
ALTER TABLE article
ADD COLUMN today int default 0 AFTER visits
В скрипте, который чистит таблицу раз в сутки предусмотрите запрос, обнуляющий суточный счетчик у всех статей:
UPDATE article
SET today = 0
PS: Если хотите анализировать посещаемость, то лучше воспользоваться готовыми счетчиками от поисковых систем - Google Analytics или Яндекс-метрики.
Если хотите все же использовать свой лог, то лучше его не удалять. Вдруг захотите выявить среднемесячное/суточное/годовое посещение или в каком то другом разрезе по разным разделам сайта. Для пересчета понадобится каждая запись посещения.