Например, протокол
Диффи-Хеллмана подразумевает использование случайных данных. Каждый раз генерируется новый ключ, соответственно, повторить генерацию точно такого же ключа практически невозможно.
В других алгоритмах, например, при каждой успешной передаче увеличивается некоторый счётчик на каждой из сторон, который также кладётся в шифруемый пакет - получаем что при том же ключе данные каждый раз различаются. И при последующих передачах сравнением счётчика можно убедиться, что это повтор.