Обычно, если linux ставится второй системой после винды, то используется grub в качестве загрузчика.
Есть такая графическая приблуда для линукса boot_repair. Использовал ее в убунту.
Если у вас 2 диска и линукс стоит на втором, то он скорее всего создал на своем диске загрузочный раздел. В этом случае в БИОС/UEFI можно выбрать зугрузку с другого диска. Тогда сможете попасть в линукс (но не в винду) и там воспользоваться boot_repair. После восстановления у вас появится возможность выбора в какую ОС загружаться.
Если диск один, то можно сделать live flash с линуксом загрузиться с нее и там запустить boot_repair.
На крайняк можно и виндовый загрузчик настроить на загрузку линукса.