В Битрикс 24 в заказе нет возможности выставить счет, как например в сделке, что собственно странно.
В сделке есть вкладка "счета", где можно выставить счет, вот такую же нужно реализовать в заказе.
В самом счете будет дополнительное поле с номером заказа (для связи и фильтрации).
Какие файлы скопировать, и как прописать вкладку?