Подпишусь на эту тему, вдруг когда-нибудь кто-то выяснит причину.
Подтверждаю, если на сайте активно используются скидки + скидки по купонам, то периодически сталкиваешься с такой же ситуацией. Купон применяется в заказе, но не деактивируется. Следовательно его можно повторно использовать. А иногда и не один раз.
Я для поиска таких периодически использую скрипт
\Bitrix\Sale\Internals\DiscountCouponTable::getList - берем активные купоны по определенной скидке
$rsSales = CSaleOrder::GetList(array("DATE_INSERT" => "ASC"), $arFilter); - проверяем заказы на наличие этих купонов
"BASKET_DISCOUNT_COUPON" => $coupon['COUPON'], - фильтр для заказов
сохраняем себе список заказов если нашел такие и далее решается что с этим делать
Когда-то писал на эту тему в техподдержку, но там требуют активной лицензии и условия для воспроизведения, что не возможно специально воссоздать.