Если это не одноразовая задача, можно написать какую-нибудь универсальную функцию обновления таких цен независимо от формата словаря, просто пробегать и изменять все цифровые значения в цикле, например так
from operator import add, mul
# val - изменяющее значение, oper - выбор операции добавления или умножения
def update_prices(shop, val=1, oper=add):
for k, v in shop.items():
if type(v) in (int, float):
shop[k] = oper(v, val)
else:
update_prices(v, val, oper)
shop = {'Молочное':{'молоко': 100, 'кефир': 60, 'йогурт':40},'Овощи':{'картошка':50, "морковь":55, 'свекла':65}}
update_prices(shop)
# {'Молочное': {'молоко': 101, 'кефир': 61, 'йогурт': 41}, 'Овощи': {'картошка': 51, 'морковь': 56, 'свекла': 66}}
update_prices(shop, 10)
# {'Молочное': {'молоко': 111, 'кефир': 71, 'йогурт': 51}, 'Овощи': {'картошка': 61, 'морковь': 66, 'свекла': 76}}
update_prices(shop, 10, mul)
# {'Молочное': {'молоко': 1110, 'кефир': 710, 'йогурт': 510}, 'Овощи': {'картошка': 610, 'морковь': 660, 'свекла': 760}}