Как правило vds-сервер это по сути linux-os без "оконного" графического интерфейса в виртуальной машине на сервере хостера. Соответственно управлять такой ОС предполагается в режиме командной строки. Для этого к серверу нужно подключиться например по ssh. Для windows установите программу Putty и подключайтесь через нее, с linux-os типа ubuntu из консоли команда ssh login@ip-сервера и потом вводите пароль. Как управлять сервером из командной строки читайте мануалы по ОС которая у вас стоит, перед покупкой vds вам предоставляют выбор, например из cent os и debian. Кроме того для общих задач администрирования сервера бывают и внешние веб-панели, например ISP Manager ispsystem.com/ru/software/ispmanager Это за отдельные деньги, но я бы рекомендовал хотя бы на месяц подключить такую систему.
