Потому что когда python видит отрицательное число в нецелой степени, он сразу включает комплексную математику. А в комплексной математике z^x считается как e^(x ln z). И получается:
>>> cmath.exp(1/3*cmath.log(-1))
(0.5000000000000001+0.8660254037844386j)
Решение: вынести минус, тогда будет использована вещественная математика:
>>> -(1**(1/3))
-1.0