А так я удаляю старые миграции, делаю новые, makemigrations, и применяю migrate
Угу - только вот в базе остаются сведения о миграциях, и она ничего не знает о том что вы там ручками в уже примененные миграции вносили.
Не надо так делать.
Если что-то хотите удалить в миграциях, либо изменить, и УВЕРЕНЫ в своих действиях - делайте вначале откат на более раннюю версию миграции:
migrate <app_label> <migration_name>
И потом уже правьте файлы миграций, с версиями более поздними. Только уведомьте всех работающих с этим же проектом, чтобы они проделали ту же операцию у себя на локальных базах.
В вашем же случае быстрее всего уже требуется помощь более квалифицированного специалиста, который бы мог исправить ситуацию, либо - в вашем случае наверное проще будет снести базу и наполнить ее заново, и более так не делать.