Если на VDS стоит Debian-based дистрибутив, попробуйте следующее:
1. Запустите MySQL от имени
root с настройками, дающими возможность выполнять административные команды:
mysql --defaults-file=/etc/mysql/debian.cnf
2. Создайте нового пользователя для вашего проекта, пустую базу, и выдайте этому пользователю все необходимые права:
CREATE DATABASE БАЗА_MYSQL;
CREATE USER 'ПОЛЬЗОВАТЕЛЬ_MYSQL'@'localhost' IDENTIFIED BY 'ПАРОЛЬ_MYSQL';
GRANT ALL PRIVILEGES ON БАЗА_MYSQL.* TO 'ПОЛЬЗОВАТЕЛЬ_MYSQL'@'localhost';
3. Измените настройки проекта и проверьте, получится ли теперь приложению подключиться к СУБД.