Не хватает куков, которые определяют, что на странице только 10 результатов (или больше), соответственно, если их нет - нет и страниц
Сделал так, все работает
import requests
from bs4 import BeautifulSoup
s = requests.Session()
headers = {'User-Agent': 'Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/85.0.4183.121 Safari/537.36'}
s.get('https://mintrans.novreg.ru/perm/list.html', headers=headers, cookies={'abc': 'all', 'count': '10'})
links = []
for i in range(1, 4):
r = s.get(f'https://mintrans.novreg.ru/perm/list%7Bpage-{i}%7D.html', headers=headers, cookies={'abc': 'all', 'count': '10'})
soup = BeautifulSoup(r.text, 'html.parser')
data = soup.find('table')
links.append(data)