> Что лучше для работы с файлами
Лучше то, в чем у вас больше опыта, и на чем написано большинство "рядом работающих" проектов. Если всё остальное написано на Qt, то определенно не стоит писать чтение файлов на C#, и наоборот.
> В чем может быть причина?
Причина может быть в кривой реализации на C#. Чтение файлов в любом языке полагается на механизмы ОС, разницы в 6 раз быть не может если измерять только чтение как таковое. Либо вы мерили что-то не то, либо одно из двух.
> Перечислите пожалуйста достоинства и недостатки обоих.
Является ли достоинством или недостатком та или иная фича зависит от того, с какой точки зрения посмотреть.