С тильдой это не обработанное исходное значение.
Т.е. есть свойство тип строка и в нём хранится html
echo .....[VALUE] выведет html в виде текста, а
echo .....[~VALUE] html
Скорее так есть свойство LINK в нём хранится html <a href="/">Тест</a>
echo $arResult["PROPERTIES"]["LINK"]["VALUE"]; Выведет на экран<a href="/">Тест</a>
а если написать echo $arResult["PROPERTIES"]["LINK"]["~VALUE"]; то на экран Тест