Нужно подключится по RDP, затем в этом сеансе подключится по RDP к другому пользователю на этом сервере и разорвать первое соединение.
Получится что первое соединение остановится (со всеми программами, как вы и описываете), а вот второе соединение запущенное из под первого продолжит работать и в нём все процессы, программы будут работать будто пользователь подключен.