В общем решено.
Переустановил пакет lvm2. Правда переустановка как-то криво прошла, с такими
ошибками. Но все заработало. Странно что сразу нормально не работало. Может я что то не доглядел, или может сервис lvm2 не стартанул, я чего то даже не проверил сразу.