Основных способа два:
1. Проверять дату изменения файла
2. Проверять хеш md5 от файла
Разумеется оба способа потребуют использования базы данных, поэтому разумнее будет данные изначально хранить не в файле, а сразу в базе. Конечно, это не касается медиафайлов, их как раз таки пихать в базу смысла нет.