если в дальнейшем предполагается передача этих данных через URL то замена одних пробелов явно будет мало, я например для этого использую утилиту
jq
пример:
echo 'This works if x < y' | jq -Rr '@uri'
This%20works%20if%20x%20%3C%20y
в вашем случае это:
read query
echo "$query" | jq -Rr '@uri'