Flipflap, затем что вы делаете утверждения не соотвествующие действительности.
Зачем вот это вот:
там меню свёрстано не списком на html, а выводится массивом на php
?
Если не понимаете как формируется меню лучше спросить как это происходит.
На основе массива php компонентом menu по шаблону указанному для этого компонента, генерируется html блок представления меню.
Вы можете добавить нужные вам классы как непосредственно в шаблоне (для всех пунктов) так и изменить шаблон так, чтобы он мог управляться параметрами из массива PHP, чтобы устанавливать различные классы для разных пунктов.
Вам нужно найти шаблон на базе которого генерируется меню.
Рискну предположить что он где-то там: /local/.default/components/bitrix/menu/...
Но вомзожно и по другому пути - все зависит от того кто и как кастомизировал сайт.