По идее нет, какая разница как видятся они у вас в системе. У БП есть кабель питания который вы втыкаете в ИБП как я понял, и каждый блок питания подключен в своему отдельному ИБП. Тогда очевидно, что если ИБП накроется, то на один из БП просто не будет поступать энергия и вследствие чего он не будет работать. БП же без разницы, что на выходе вы что-то объединили и сбалансировали. Есть вход, есть выход. Если на вход не будет поступать энергия то он работать не будет, если вы конечно не запитали первый БП от второго.