Конечно, у докера есть оверхэд. В реальности ты его не заметишь.
Проектировать приложение нужно так, чтобы оно могло масштабироваться горизонтально. Не стоит думать, что разница между приложением, запущенным прямо на VPS и приложением, запущенным в докере на этом же VPS — это "вот как раз то, чего не хватало". Если CPU/Networking упирается в 100%, то это повод разворачивать ещё несколько идентичных серверов и размазывать нагрузку. А это в сто раз легче сделать, если у тебя контейнеры.
Более детальный анализ:
https://stackoverflow.com/questions/21889053/what-...