В большинстве ide есть вариант "Создать проект из существующих файлов" с возможностью указать удаленный ftp сервер - вначале ide скачивает файлы в проект и синхронизирует их с ftp.
purgecss имеет смысл использовать уже на этапе создания билда + храни сss в файлах и загружай/группируй с помощью
Dmitrijs Balcers в css файлах блоков/чанков т.е. создаем "модули": button.css, form.css, list,css и импортируем их в стиле блока/чанка - left_menu.css(button.css, list,css), right_menu.css(button.css, list,css, form.css)