Если другая исправная видеокарта в том же слоте работает на полной pci-ex x16 (можно разными утилитами посмотреть, если не ошибаюсь, GPU-Z тоже умеет показывать), то проблема не в материнке. Однако бывает, что какие-то видеокарты могут работать на 1х, на 4х, на 8 и на 16, а какие-то только на 16, или только на 4 и на 16. Надо проверить.
Если же это проверено, и точно видеокарта неисправна - то тут вариантов немного - либо конденсаторы по соответствующим линиям pci-ex на видеокарте (керамика, по 2шт на канал обычно), и сам чип по этим каналам не работает (ну, например, статикой выбило при чистке). Можно прозвонить мультиметром в режиме диодной прозвонки, прямо на выводах pci-ex видеокарты, но где конденсаторы, мерить на конденсаторах со стороны чипа. Короче, в сервис.