1. В разделе "Упаковка" для каждого товара создается своя единица измерения -
У вас стоит в настройках "использовать упаковки", и это указано настройках в "Вид номенклатуры" который указывается для каждой номенклатуры. Итого для Номенклатуры задается отдельные ед.измерения.
Это не ошибка это на выбор, кому как надо.
2. Там же есть единицы измерения с незаполненным полем "Код по ОКЕИ". Т
в Меню Администрирование...\ Обслуживание \ Корректировка данных \ Групповое изменение реквизитов
можно до заполнить нужное значение.