Хочу сделать все правильно, чтобы в дальнейшем не пришлось делать глобальных изменений в структуре файлов.
Так вряд ли получится сделать с первого раза и "правильно", если это применимо.
Мне нужно решить где устанавливать приложения для стека Docker /Container Linux/symfony/laravel. папку с проектами.
Это без разницы практически.
Какую IDE лучше использовать.
Какая вам больше нравится по функциям / дизайну / цене и так далее. Если планируете работать с Laravel, Symfony, то скорее PhpStorm, но можете вообще начинать с какого-то легковесного редактора.