Когда в системе есть 2 диска, например А и Б, то при установке винды может сложиться ситуация что загрузочным диском станет диск Б, а сама винда будет лежать на диске А.
Поэтому вынимая из системы диск Б, система не сможет загрузиться, хотя диск А с виндой останется в компьютере.
Эту проблему в принципе можно исправить с помощью загрузочного диска и восстановления загрузочной области, можно погуглить инструкции.
Но лучше этого не допускать изначально, примитивный но надёжный способ это отключить лишние диски перед установкой винды и подключить их обратно когда винда установится.
Так же не совсем банально выглядит процедура установки двух или более операционок на разные диски, для этого тоже лучше поискать инструкции в гугле.