Добрый день, админстрировать VDS & VPS без сис админа довольно сложно, если нет знаний.
С учетом того, что сайт на ВП, то вполне возможно, что вы сайт не обновляли или как вариант устанавливали обнуленные версии премиум плагинов, в которых была куча уязвимостей. Злоумышленники найдя уязвимость внедрили скрипт, который удалил файлы сайта, а далее при помощи CRON задачи удалил остальное.
Как вариант развернуть сайт из старого бекапа, просканировать его и удалить все возможные уязвимости. Далее посмотреть в вебархив и если есть свежие снимки, то парсером достать последние статьи и т.д. (все что можно достать) и импортировать на ваш старый сайт, чтобы актуализировать его.
Ну и обязательно - делайте бекапы на VPS / VDS сами. Не хостер вам это должен делать, а вы! Можно дополнительно загружать бекапы в облако.
Если не можете сделать бекапы на уровне системы и хостинга, то можно на уровне ВП сделать.
Плагин -
https://ru.wordpress.org/plugins/updraftplus/
Позволяет сделать бекап и загрузить в Google Drive || Яндекс Диск (через webdav)