У
Java ME есть минимальные системные требования для целевых устройств.
Взглянув на них, становится понятно, что это не для микроконтроллеров в общем случае. Конечно, встраиваемая система встраиваемой системе рознь, но вот микроконтроллеры ещё используют не только для встраиваемых систем, а прямо в железо, например, радио-приемопередающего устройства, спроектированного на работу с протоколом физического уровня. Такие контроллеры могут иметь килобайты памяти всех видов. Зачастую, такие девайсы предлагают не так много ассемблерных инструкций, чтобы имело смысл делать под них компилятор Си. В более универсальных микроконтроллерах компилятор есть, поэтому это вполне себе повод для радости.
Там, где можно развернуть JME, уже есть Linux kernel, поэтому ответ на вопрос о том, почему больше используется Си, чем Java, заключается в том, чем занимается компания, в чем у нее бизнес и какой у нее рынок. Количественно, решений, которым нужно JME просто меньше, относительно тех, в которых не нужна прослойка в виде ОС.