Какой сервис посоветуете который позволит выписывать счета?
По-хорошему, это должна делать ваша CRM.
Платежная система тут не имеет смысла, оплата по счету приходит на ваш собственный банковский счет.
А вот бухгалтер, который будет проверять поступления и каким-то образом инициировать подписку по факту оплаты - понадобится.