Т.к. в сети имеется( а так же продается) огромное количество сборок на Java и все они отличаются, я хотел бы создать собственную на основе другой - не с нуля, разумеется, знаний не хватит.
1) прочитать исходники игры
Во-первых, не факт, что вы найдете проект с открытым исходным кодом. Особенно платные вероятнее всего будут продаваться в собранном виде а значит, вам нужно будет изучить не просто разработку на Java, Но также реверс-инженеринг.
Когда говорят, что игра написана на Java, но вполне возможно, что на помимо языка она также была написана на движке. Например, jMonkey, LibGDX и др. Соотвественно, вам нужно изучить один из этих движкой / фреймворков, чтобы понять как вообще работают игры.
Как вам и сказали прочитать исходник это одно. Разобраться с тем, что и как работает - это другое.
2) что то исправить для функционала в игре
Тут опять-таки если есть опенсорс, то все ок. А если закрытый код, то реверс-индеенеринг и т.д.
3) запустить свою переделанную сборку.
Тут сами понимаете, что нужно уметь делать игры. Нужен гейм-дизайнер, левел-дизайнер и т.д.
Ваши шаги - забить пока что на эту игру и изучить разработку на Java, разработку игры на Java, движки и фреймворки. А далее яснее станет.