По предпочтению скажу, что кастомные поля мне тоже ближе, чем виз. редакторы.
Если тема для продажи, то прочитайте правила на themeforest.
А так я бы не сказал, что есть какой-то правильный способ.
Theme customizer, фреймворки (Redux и др), кастомные поля (ACF, carbon fields), виз. редакторы и т.д. Зависит от бюджета клиента, зависит от ваших целей. Если тема на массовую продажу, то нужен фреймворк