Не полностью но фиксанул , осталась только одна папка внутри архива
добавил
_, to_rar = (os.path.split(to_rar))
В итоге
new_file_name = self.generate_file_name() # Генерация имени файла
path_to_temp_folder = os.path.dirname(BASE_DIR)
if not os.path.exists(f'{path_to_temp_folder}/files'):
pathlib.Path(f'{path_to_temp_folder}/files').mkdir(parents=True, exist_ok=True) # Создаю папку
wb.save(f'{path_to_temp_folder}/files/{new_file_name}') # Сохраняю в нее эксель файл
archive = self.generate_zip_name(rfi) # функция генерит имя архива (string)
to_rar = f'{path_to_temp_folder}/files' # путь к папке с файлами
_, to_rar = (os.path.split(to_rar)) # Новая строка
os.system("rar a {} {}".format(archive, to_rar)) # Вызов линуксовой либы для создания архива
Результат
folder.rar
folder
file.xlsx
не совсем что нужно в идеале но уже гораздо лучше