import base64

with open("yourfile.ext", "rb") as image_file:
    encoded_string = base64.b64encode(image_file.read())

Михаил спасибо за помощь. Похоже всетаки придется менять manager command. Сейчас остановился на таком решении через дополнительную переменную с дефолтным значением, возможно кому-то пригодится

class Command(BaseCommand):
    def add_arguments(self, parser):
        parser.add_argument(
            "--path",
            dest="path",
            default=os.path.join(os.path.abspath(os.path.dirname(__name__)), 'data.csv')
        )

    def handle(self, *args, **options):
        path = options.get("path")
        ...

Вызов в тесте

call_command('my_command', path=create_test_csv_file)