import base64

with open("yourfile.ext", "rb") as image_file:
    encoded_string = base64.b64encode(image_file.read())

В итоге рабочая конфигурация такая

docker-compose.yml

version: '3.7'
services:
  web:
    build: .
    command: python /profi/manage.py runserver 0.0.0.0:8000
    environment:
#      DJANGO_SETTINGS_MODULE: "project.settings.development"
      DEBUG: 1
      POSTGRES_USER: postgres
      POSTGRES_PASSWORD: postgres
      POSTGRES_DB: postgres
      POSTGRES_HOST: db

    volumes:
      - .:/profi
    ports:
      - "${HTTP_PORT:-8000}:8000"
    depends_on:
      - db
  db:
    image: postgres:11
    volumes:
      - postgres_data:/var/lib/posgresql/data/
    environment:
      POSTGRES_USER: postgres
      POSTGRES_PASSWORD: postgres
      POSTGRES_DB: postgres
      POSTGRES_HOST: db
    ports:
      - "${DB_PORT:-5432}:5432"

volumes:
  postgres_data:

settings.py

DATABASES = {
        'default': {
        'ENGINE': 'django.db.backends.postgresql_psycopg2',
        'NAME': os.environ.get('POSTGRES_DB', default='postgres'),
        'USER': os.environ.get('POSTGRES_USER', default='postgres'),
        'PASSWORD': os.environ.get('POSTGRES_PASSWORD', default='postgres'),
        'HOST': os.environ.get('POSTGRES_HOST', default='localhost'),
        'PORT': "5432"
        }
}

Михаил спасибо за помощь. Похоже всетаки придется менять manager command. Сейчас остановился на таком решении через дополнительную переменную с дефолтным значением, возможно кому-то пригодится

class Command(BaseCommand):
    def add_arguments(self, parser):
        parser.add_argument(
            "--path",
            dest="path",
            default=os.path.join(os.path.abspath(os.path.dirname(__name__)), 'data.csv')
        )

    def handle(self, *args, **options):
        path = options.get("path")
        ...

Вызов в тесте

call_command('my_command', path=create_test_csv_file)