У Altera нету встроенного симулятора начиная с Quartus версии 10.0 и он был очень простой, тестовые воздействия задавались только графически.
Xilinx ISim, почти ни чего не поддерживает из SystemVerilog, при этом не говорит об ошибках, а делает не правильную симмуляцию.
QuestaSim и ModelSim ни чем не отличаются со стороны графического интерефейса, различаются только в движке симмулятора. В целом QuestaSim лучше поддерживает ООП в SystemVerilog, то что работает в QuestaSim может не работать в ModelSim. В бесплатной версии, кроме скорости работы (только одно ядро процессора), также может что-то не работать в отличие от платной (как-то пробывал моделировать маленький проект, но пришлось искать лекарство).
Средства симуляции покупаются дополнительно к IDE и стоят не меньше. Так что, если трясти работодателя на покупку, то надо покупать все, иначе в покупке смысла нет.