Без исходных данных о конкретных изменениях и настройках явно указать на причину не получится.
В начале требуется определиться с тем, какая именно ошибка отдается сканером, подробное описание доступно на сайте Bitrix:
https://dev.1c-bitrix.ru/community/blogs/informati...
Проблема, вероятнее всего, связана либо с правами на размещенную папку и владельцем папки(по-умолчанию владелец и группа должны быть bitrix), либо c отсутствием нужных изменений в файле виртуального хоста (nginx или apache).
Проверьте корректные ли пути были в них указаны. Если в файле .htaccess были добавлены директивы с абсолютными путями, то их также нужно изменить.
И, конечно, после изменения конфигурационных файлов оба веб-сервера нужно перезапустить:
systemctl restart httpd
systemctl restart nginx
Также следует проверить корректность путей в настройках, в меню "Настройки продукта" > "Сайты" > "Список сайтов".