Вам не нужно конвертировать WIM в ISO, вам нужно
ПОЛНУЮ структуру установочного CD упаковать в ISO.
WIM файл можете кастомизировать - вырезать ненужные редакции и т.п.), но лежать он в Sources на своем месте должен.
Сделать это можно утилитой официальной утилитой CD Image от Microsoft.
https://docs.microsoft.com/en-us/windows-hardware/...
Вот вам для примера команда для сборки Windows 7 X64 (в Server 2008R2 поменяются некоторые ключи)
oscdimg.exe -u2 -b"F:\WIN_UPD_ISO\W7ULT64\SP1\boot\etfsboot.com" -pEF -lGRMCULXFREO_RU_DVD -t11/21/2010,17:06:00 -g224 "F:\WIN_UPD_ISO\W7ULT64\SP1" F:\WIN_UPD_ISO\W7ULT64\W7ULT64_Updated-17.12.15.iso