Вопрос в том, насколько сильно вы хотите защититься от возможности запуска этой программы без аутентификации.
Я так понимаю, вам бы хотелось, чтобы все файлы вашей сторонней программы каким-то образом бы оказались "встроены" в вашу программу. Это возможно - вы всегда можете просто добавить файлы в бинарном виде как ресурсы. Но в конечном счете, т.к. вы пишите на шарпе, злоумышленник может изучить исходный код вашей программы для показа формы авторизации, понять, как вы из нее запускаете стороннее приложение и запустить его.
Если же вам нужна "защита от дурака", то просто поменяйте расширение у exe-файла - обычный юзер не догадается, что это приложение и его можно запускать, а вам это не помешает выполнят запуск этого приложения.
