нет смысла так делать, htaccess очень специфичекая штука и подзапрос будет очень сильно его тормозить.
во вторых еще раз, уже не знаю какой раз.
И яндекс и гугл смотрят только на последний код, всю цепочку они пропускают.
так что если это будет 301 301 301 404 то это 404
а как исключить файл из индекса это отдельная история тут более чем хватает инструментария.
я уже если честно устал
вот с этой шляпой бороться
RewriteCond %{THE_REQUEST} /index\.php [OR]
RewriteCond %{HTTPS} !on [OR]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\. [NC]
RewriteRule ^(.*?)(index\.php|$) https://localhost/$1 [R=301,L]
не выдумывайте велосипед и геморой себе на одно место.