Архитектура должна строится по принципу экономии оперативной памяти, если цена за поддержание нескольких БД будет выше, чем польза, то нет смысла разбивать. При этом надо понимать, что у разных БД разные возможности.
Поэтому да, использовать несколько БД, в том числе хранить параметры в файликах это нормально. Если оно действительно помогает, а не усложняет и тратит ресурсы просто потому что есть.