Причём как-то странно, какие-то как видно из скриншота всё же проведены нормально, а какие-то нет. Мы работаем в Торговле а в Бухгалтерию просто выгружаем обычно
Торговля и Бухгалтерия - это разные системы со своими правилами проведения. При выгрузке из УТ в БП выгружается только костяк документа, а при наличии отметки проведенности делается запись в регистре отложенных проведений, чтобы такие документы потом провелись по правилам принимающей системы.
Очевидно, что в вашем случае произошел рассинхрон передающей и принимающей стороны после обновления одного из них. Или возможно вы используете правила трансляции, которые писали под вас и в которых не учтены какие-то новые важные реквизиты.