Если запустить кликер на рабочем столе №2 и после переключиться на рабочий стол №1 - кликер работает на №1 а не на рабочем столе №2,
Вы неправильно понимаете ситуацию.
Кликер это программа, и эта программа работает не на рабочем столе, а на компьютере.
Задача этой программы - совершать манипуляции на рабочем столе. Что она успешно и делает.
Какой рабочий стол активен (отображается на экран) с тем она и будет работать. У вас там может быть хоть сто рабочих столов - активный то будет только один.
В вашем случае надо либо VM либо сервер терминалов.