Ваша программа сверяет те элементы, которые уже сверяля раньше. Также, если последовательность состоит из одинаковых чисел, а делиться должно на 1 (к примеру), то ничего не выводится, хотя должно
Попробуйте следующие циклы:
for i in range(0, n):
for j in range (i, n):
if ((x[i] + x[j]) % m == 0):
print(x[i], x[j])