Руками, как ни странно.
1. Ты никогда не знаешь наверняка, где приземлится юзер. Может он по хеш-ссылке где-то в подвале окажется.
2. Точно не должно быть стилей, которые не представлены на данной странице. Фреймворки типа OctoberCMS позволяют подключать разбитые файлы со стилями на страницу, собирая их в один файл, таким образом ты исключаешь ненужное сам. При должных усилиях такой трюк можно провернуть и на других платформах ЯП\фреймах
3. Если у тебя тупо сгенеренный HTML+CSS+JS, каким-нить UnCSS можно фильтровать (загуглил, модуль для галпа deprecated)
4. А вообще стоит
загуглить.