Проблемы есть.
Если совсем кратко:
1. Разработка - разрабатывайте в докере. Это позволит сохранять высокий темп разработки и переносимость окружений между разными разработчиками. Есть до сих пор нерешённые нюансы, вроде скорости работы ФС в Windows, MacOS X, нюансы с сетью, но в, в целом, это действительно очень удобно.
2. Сборка софта. И тестирование. Опять же пускай будет в докере. Никаких особых проблем.
3. Продуктовая среда. А тут нужно думать. Докер как дополнительный компонент и снижает быстродействие, и вносит дополнительную точку отказа и сложность в отладке. Если докеризация и универсализация окружения с разработкой действительно финансово и технически выгодна - идите в это. Если нет... То есть куча альтернатив.