Можно использовать метод, описанный в этой статье:
habrahabr.ru/blogs/infosecurity/47287/
Если в двух словах, то флэшка форматируется в NTFS, в корне создаются нужные папки и после этого запрещается запись в корень.
Плюс в том, что ни один вирус уже не сможет физически закрепиться на флэшке.
Минус — не будет работать контекстное меню Send To в Windows, так как оно записывает файл в корень.