Клик мыши проходит через множество обработчиков, начиная с обработчика аппаратного прерывания. Т.е. сначала это обрабатывается в ядре, потом передаётся в X-сервер, где соотносится с определённым окном, а окно соотносится с его владельцем-приложением. Далее X-сервер через ядро связывается с владельцем окна (в данном случае - браузером) и передаёт обработчик ему. В браузере обработка клика тоже делается в много стадий в разных программных компонентах, включая JS-интерпретатор; а тот уже передаёт команды рендеру. Причём рендер - это сначала браузер, потом (опять через ядро) передаётся в X-сервер.
А некоторые клики (по объектам, которым не назначен JS-обработчик - естественно, обрабатываются без JS-интерпретатора, встроенными обработчиками.
Судя по последней фразе - Вас интересует только то, что происходит в браузере. Это я не копал, не знаю.
