Не понимаю задачу. Что ты хочешь в итоге получить и что у тебя имеется?
Рассуждаю:
У тебя есть инсталлятор какой-то софтины (произвольной). Ты хочешь софтину установить, но чтобы при этом ключ, помещённый в автозагрузку был перехвачен и исключен?
Если так, что тебе нужен мониторинг изменений, которые внесла программа установки (она может поместить ссылку на загрузку в реестр юзера, в реестр всей оси, в папку автозагрузки в меню пуск, в планировщик). Мониторим изменения в этих местах - удаляем то, что она там понасоздавала. Батником ты тут не отделаешься.
Далее. Не все программы ставятся в автозагрузку установщиком, многие ставятся при запуске самой софтины.
был у меня вариант с реестром, но он еще и подтверждение постоянно просит
reg позволяет установить флаги, чтоб не спрашивал, если что