Я использовал для этой цели virtualbox.
Он имеет интерфейс командной строки и позволяет запускать машину через неё.
С запуском же приложения в андроиде так просто вопрос не решить.
Нужно ставить какую-то тулзу для удалённого управления андроидом, я думаю.
Встречал такие, но не искал из с CLI. Наверно есть. Но если нет, то на андроиде вполне можно поднять sshd, и я не вижу причин почему бы не делать через него всё что угодно.